Osebno varovalno opremo osebje po uporabi odvrže v koš za odpadke in z njimi ustanova ravna v skladu z Uredbo o ravnanju z odpadki, ki nastajajo pri opravljanju zdravstvene in veterinarske dejavnosti ter z njima povezanih raziskavah (Uradni list RS, št. 89/08). Iz tega sledi, da je potrebno uporabljeno osebno varovalno opremo obravnavati kot infektivne odpadke 18 01 03* in je ne smemo odlagati kot neinfektivne odpadke 18 01 04.

Embalaža, ki ni bila v neposrednem stiku s pacientom (ni bila v istem prostoru kot okuženi pacient), se lahko odlaga kot odpadna embalaža.

Virus so našli tudi v blatu, vendar niso ugotavljali t.i. fekalno-oralnih prenosov (blato-usta), ker se virus v blatu ne razmnožuje. NIJZ ni izdal posebnih priporočil in navodil za ravnanje z blatom.