Nekatera naročila so, čeprav sicer izpolnjujejo vse zakonske znake, ki opredeljujejo javno naročilo, izvzeta iz dometa uporabe formalnih pravil ZJN-3. Izjeme, za katere se zakona ne uporablja, so zelo obsežno opisane oziroma naštete v 27., 28., 29. in 30. členu ZJN-3. Tako se na primer zakona ne uporablja za javna naročila in projektne natečaje, ki jih mora naročnik oddati ali organizirati v skladu s postopki javnega naročanja, ki jih določajo mednarodne pogodbe in/ali mednarodne organizacije in finančne institucije (torej v skladu z mednarodnimi pravili). Pravil ZJN-3 se tudi ne uporablja pri javnih naročilih nekaterih vrst storitev, kot so na primer storitve za pridobitev ali najem zemljišč, obstoječih stavb ali drugih nepremičnin, storitve za pridobitev, razvoj, produkcijo ali koprodukcijo programskega gradiva za avdiovizualne ali radijske medijske storitve, storitve na področju arbitraže in podobno. Novost v primerjavi s prej veljavnim ZJN-2 je izključitev naslednjih pravnih storitev: pravno zastopanje stranke po odvetniku v arbitražnih ali v sodnih postopkih pred sodišči ali javnimi organi Republike Slovenije, države članice ali tretje države ali pred mednarodnimi sodišči ali institucijami in s tem povezane storitve pravnega svetovanja, pod pogojem, da svetuje odvetnik. Izključene so tudi notarske storitve in pravne storitve, ki jih opravljajo skrbniki ali zakoniti zastopniki ter druge pravne storitve, ki so v Republiki Sloveniji ali drugi državi članici povezane z izvajanjem javne oblasti. Enako kot doslej v ZJN-2 se pravil ZJN-3 ne uporablja za naročanje finančnih storitev, povezanih z izdajo, prodajo, nakupom ali prenosom vrednostnih papirjev ali drugih finančnih instrumentov. Iz dometa pravil ZJN-3 so še naprej izključene tudi pogodbe o zaposlitvi in storitve javnega potniškega prevoza z železnico ali podzemno železnico. Pod določenimi pogoji so iz domene zakona izključene storitve civilne obrambe, civilne zaščite in preprečevanja nevarnosti, ki jih izvajajo neprofitne organizacije (navedeno ne velja za storitve prevoza bolnikov z reševalnimi vozili), ter storitve, ki jih naročnik odda drugemu naročniku ali združenju naročnikov na podlagi izključne pravice kot tudi (pogojno) nekatere raziskovalne in razvojne storitve. Iz urejanja ZJN-3 so po novem izrecno izključena javna naročila opreme, tehnike ter druga javna naročila za zagotovitev osnovnih pogojev za preživetje oziroma življenje ali takojšnjo preprečitev nastanka neposredno grozeče škode ob naravni ali drugi nesreči, skladno s predpisi o varstvu pred naravnimi in drugimi nesrečami, če je vrednost takšnega naročila nižja od vrednosti, od katerih dalje je potrebna objava v Uradnem listu EU.¹ Popolnoma novi sta izjemi, ki sta povzeti po novih javno- naročniških direktivah iz leta 2014 in izključujeta uporabo pravil o javnem naročanju v primeru naročil, ki jih javni naročnik odda odvisni pravni osebi (t. i. naročila »in-house«), in naročil, ki jih javni naročnik odda drugemu javnemu naročniku (t. i. »javno-javna partnerstva«) (pogoji, pod katerimi so tovrstna naročila izvzeta iz dometa pravil o javnem naročanju, so določeni v 28. členu ZJN-3). Glede na to, da zakon združuje tako pravila, ki zavezujejo javne naročnike na splošnem področju javnega naročanja kot tudi pravila, ki urejajo javno naročanje v infrastrukturnem sektorju, je v ZJN-3 določena tudi vrsta izjem, ki veljajo izključno za javna naročila na infrastrukturnem področju. Tako so na primer izvzeta naročila na področjih, kjer specifična dejavnost poteka na trgu, ki je bil liberaliziran in odprt za konkurenco (da je določena dejavnost neposredno izpostavljena konkurenci, mora biti ugotovljeno v posebnem postopku); javna naročila za nakup vode, energije ali goriv za proizvodnjo energije; javna naročila storitev, blaga in gradenj, ki se oddajo povezanemu podjetju, katerega glavna dejavnost je zagotavljanje teh storitev, blaga ali gradenj skupini, katere del je, in ne njihovo ponujanje na trg; (pod določenimi pogoji) javna naročila storitev, blaga in gradenj, ki jih naročnik odda skupnemu podjetju, katerega del je in ki ga je ustanovilo več naročnikov za opravljanje določene dejavnosti na infrastrukturnem področju.